圣女玛加利大入会后，先经过初学阶段。她常常随从长上的指导，严守各项会规，她常想自己的毛病和过失，自卑自贱，谦虚谨慎，为此耶稣很宠爱她。当她早晨一醒来时，就把几句圣经默示给她，经句是拉丁文，她不懂，再去请教院长给她解释。有一天，她请求院长教给她默祷，院长告诉她：“你带着白布，到主台前去，等候画师下笔吧”。圣女端跪耶稣圣体台前，听耶稣呼叫她说：“你来，我要教训你”。于是圣女领会了自己的灵魂象一块白布，耶稣亲自在上面画上自己的苦难图像，要求她只爱受难的耶稣，把偏爱人，爱自己的私意完全除去，使耶稣的苦像永远印在自己的灵魂(白布)上。这时圣女觉着自己的心灵，在爱慕世俗、人、物的心情，突然消失，心中热火炎炎，切望热爱天主，并为爱天主而多多受苦。

    由于圣女无节制地行苦工，长上给她划定了界限。有一次她行苦工越过了界限，圣方济各·撒肋爵显现给她说：“我的女儿，你不服从长上的命令，还盼望天主喜欢吗?本会的要求不是苦工而是服从”。

    圣女进初学院后三个月，于1671年8月25日，才换上了本会的会衣。圣女回忆说：“我刚一换上会衣，耶稣教我懂得我的灵魂和基督玎了婚约，我应更爱慕他，耶稣也要更加严厉地管教我”。此后耶稣赏赐圣女异常的神慰神乐，心里总喜欢在耶稣跟前诉说自已的苦楚。耶稣对我说：“你要纯心爱我，做个盲、聋、哑人，一切由我作主，你只该服从就是了”。

    初学期间，院长发现圣女的言行表现与众不同，担心她会发生意外的事。告诉她说：“你不要做出越规的事情，若是不合本会的宗向，会影响你后来发愿的”。圣女愿意遵命，服从领导。可是天主圣神宠爱她，把她灵魂的一切自由意志，都据为己有，圣女也不能不服从圣神的引导，真是进退两难。院长派一个修女单独看管她，叫她常常参加劳动，不给她去做默想的时间，只让她念完默想题目后，就立刻叫她扫地，擦玻璃，洗家具。到了晚上还要去院长跟前亲自汇报一天的活动情况。

    岂知人越阻挠她亲近天主，天主却越亲近她。她得到超出寻常的神慰神乐。她在这一阶段的情况是：
    “人愈阻我情，
    我爱焚肺腑!
    何妨昼夜劳，
    谁能夺我主!
    磨难多且大，
    更加亲近主”。

    有一次她忙碌不堪，筋疲力乏，就向耶稣说：“我主，你来看，我在为你受苦”。

    “没有我的帮助，你什么也不能做，只要你认识自己是一个软弱无力的人，我就肯帮助你”。这是耶稣答复她的话。

    圣女从小的时候，就不能吃奶饼，曾做过多次努力，要克服这个弱点，但是始终不能下咽，有时勉强咽下一点，立即绞肠翻肚的难受。她在进会的那一天，她的哥哥在院长面前曾介绍过这个情况，院长也答应下来不勉强她吃。但有一天，送饭人把一块奶饼放到她面前，圣女想是长上的命令，便强打精神吃了一小片后，立即昏倒了。旁座的修女把她扶起来。院长看她吃下奶饼，也惊奇她的勇敢。但为了培养她的德行，反责备了她擅自吃了奶饼，因为没有毅力，所以没有咽下去就昏倒了。

    为这事她哀求耶稣，流泪痛哭，后来跪在院长前，请求准她再吃奶饼。院长许可了，第二天再吃时果然咽下去了。但是由于勉强过度，以致病了几天。以后，她天天非常困难地勉强自己吃些奶饼，一连坚持了八年之久。院长怕伤了她的胃口，才不准她再吃奶饼了。

    本院有一个青年修女，品貌都好。圣女很喜欢同她交往。一天耶稣埋怨她说：“我要你一个完全的心，丝毫不能分割”!圣女懂得耶稣是要她克服这种属于本性的偏爱。为此经过三个月的时间，才彻底克服掉这个偏情。

    初学将完，照章该发三愿，院长看她异常的表现，不敢准她发愿。圣女心中难过，祈求耶稣说：“我的主!我若不能发愿进会，显然是为了你的缘故，你看怎么办”?耶稣说：”你去对院长讲明情况，可以收你进会，我作你的中保”。圣文告知院长，院长说：“该求耶稣赏你好好遵守会规，做会中有用的人”。圣女将这话告诉耶稣。耶稣答应说：“你求的我都允许，使你做有用的人，更超过院长的希望。我愿你重视会规，几时我命你做的事，若是长上不准，你宁可听从长上的命。我自有办法实现我的愿望。你的一切都由我掌管，我要在你心里建立我的爱情之国”。

    在巴莱毛尼修院里，有两匹母驴驹，天天放在园子里吃草，管理园子的修女，嘱托初学修女，看守这两匹驴驹，不要让它们吃了蔬菜。圣女遵命看守，整天在菜园里驱赶驴驹，因它们不断地去吃蔬菜，赶走这一匹那一匹又过来，刚赶跑那一匹，这一匹就又回来了。费了很大力气始终赶不出去。到了发愿前避静的时候，圣女愿意静静默想，无奈仍在园中赶驴。于是，她自作安慰说：“撒乌尔寻找母驴，得做以色列国王。我如今天天赶驴，也盼望得着天国”。

    圣女甘心承受着各种不如人意的病苦，有时夜不成眠。耶稣默启她说：“我背着粗重十字架，没有换过肩，你也要坚持忍受各种苦痛”。1672年11月2日追思已亡日，圣女把自己的灵魂，结合耶稣的苦难，一起奉献给天主。忽听有声音对她说：“不要忘记，你已许给被钉死的天主了，所以你该相似他，舍弃一切人生快乐，长期忍受痛苦”。圣女看见耶稣被钉在十字架上，旁边有一个小十字架，耶稣叫圣女背起来，圣女觉得重的受不了。若没有全能之手的帮助，自己一定背不起来。

    圣女避静的时候，耶稣对她说：“我的肋伤，要做你长久的住处。我给你的灵魂，穿上洁净的外衣，住在我的肋伤中，可保安全不失。今后，你要死于自己，活于天主。你要记住，不为我的缘故，不要念及自己”。圣女向主耶稣用血书表达自己的意愿说：“我是极微小的，从虚无中受造的一个人，在我主台前，定心立志，凡主要我做的事，我全心奉行；如今奉献我心，承行主的圣意；我愿光荣天主，全心爱慕天主；将我的身灵及生平一切时光，都献给主，做主的忠诚婢女，愿恩主也全为我所有”!署名：无能的净配玛加利大。然后又补写上几句话说：“样样依靠天主，一点也不靠我自己：样样都是天主的，我自己一点也没有；样样都为天主，为我自己一点也没有”。就在这一年11月6日，圣女在院长前，发了绝意、绝色、绝财三愿。发愿后耶稣对她说：“当你穿会衣时，我已同你订了婚约，如今发了三愿，就是我的净配了”。圣女感到了极大的神慰神乐。当圣女心里忐忑不安时，耶稣安慰她说：“你不要害怕，只要听从我的安排，一点也不阻挡就是_r”。又说：“你该准备收留我，我要常常在你身边”。于是，圣女就感到耶稣时常在她身边，看得见他，听得见他说话，常常伴随着她，一刻也不离开。圣女自思，自己卑贱不堪，恨不能常常跪在耶稣身边。无奈劳动工作，又有病痛在身，不能长久跪着。她一心盼望多受别人的轻慢凌辱，好能相似耶稣。