四个月后，一名公职人员把依纳爵从他的住处带走，并把他投到了监狱里，告诉他没有其它命令不得离开监狱。由于监狱管理宽松，许多人可以拜访他。所以就如他自由时一样，照常为来拜他的人讲道理带避静。

有很多有地位的人急于帮助依纳爵，但都被依纳爵拒绝了，因为他不想利用他人的地位获得自由。特别有一个人，特蕾莎·德·卡德纳（Teresa de Cardena）女士。她经常拜访依纳爵，想要把依纳爵从监狱中救出来。依纳爵对她说：“因着天主的爱，我被囚禁在监狱里。如果天主乐意，祂会解救我的。”

依纳爵完全不知到自己为什么被投到监里。当他在监狱里第十七天时，费格罗亚前来询问他。问了许多事情，还问他是否命人遵守安息日。

在依纳爵没有被下到监狱之前，有母女二人经常来拜访依纳爵。女儿既年轻又漂亮。在来拜访依纳爵的人中，她的灵修进步最大。虽然她们是贵族，但她们决定独自徒步前往哈恩（Jaen）去朝拜勿洛尼加的手帕。这件事在阿尔卡拉引起了不小的轰动。这两位女人的监护人吉鲁埃勒斯（Giruellus）博士认为是依纳爵指使她们朝圣，于是下令将依纳爵下到监里。

由于费格罗亚想要充分了解此事的情况，所以依纳爵一五一十道出事情的真相。依纳爵说：“这两位妇女曾向我表示，她们希望到各地去帮助医院中的穷人。然而，我不赞成她们的想法，因为女儿既年轻又漂亮。同时向她们表示，如果她们非常想帮助穷人，阿尔卡拉有足够的穷人。并且当给病人送圣体时，她们可以陪伴在圣体左右，以满足她们对天主的热爱。”费格罗亚和一名公证员记下了依纳爵的话后便离开了。

依纳爵的同伴卡利斯托（Calisto），在重病康复后听说依纳爵被监禁了，便从塞戈维亚（Segovia）赶来，希望自己也能被投入监狱。

依纳爵在监狱里待了四十二天时，那两个女人回来了。公证人再次拜访了他，告知他重获自由的条件是：他和他的同伴应该穿和其他学生一样的衣服；在完成四年的学习之前，不要宣扬信仰的真理。依纳爵的确在学习上取得了比其他人更大的进步，但每当审问他时，他总是说自己在学习上没有打好根基。

依纳爵看到这样的判决结果时，不知所措。他看到已经没有机会再去帮助人灵，因为除了他们没有完成学业的理由外，没有给出其它的理由。他最终决定将整个事件交给托莱多大主教丰塞卡（Fonseca）来处置。依纳爵于是离开阿尔卡拉去了巴利亚多利德（ Valladolid），在那里他见到了大主教。他忠实地向大主教报告了该事件的经过，并表示，尽管他已不在他的权下，没有遵守宣判的义务，但他要照主教的建议去做。大主教热情地接待了他，批准了他前往萨拉曼卡（Salamanca），并向他保证他会在那里找到朋友，并为他提供了旅途所需的一切。然后，依纳爵辞别了大主教。