在威尼斯，他把所有的时间都花在带领人做神操和其他属灵工作上。他带领做神操的人有：伯多禄·康塔里努斯（Peter Contarenus）、加斯帕尔·道蒂斯（Gaspar a Doctis）、西班牙人罗泽斯（Rozes）和另一位名叫霍泽斯（Hozes）的西班牙人。霍泽斯和依纳爵一样，也是主教的好朋友。尽管一开始霍泽斯觉得被神操所吸引，但他起初并不愿意做神操。最后，他决定做神操。在神操的第三天或第四天，他开始向依纳爵敞开心扉，他说，他担心通过这些操练，他可能会被带偏。事实上，一个男子告诉他要对神操保持警惕，为此，在做神操时，他随身带了一本用来分辨的书，以防被骗。他由神操得到了很大的益处，最后决定追随依纳爵的生活方式。他是最早逝世的耶稣会士。

依纳爵在威尼斯又遭遇了另一次迫害。一些人坚称，在西班牙和巴黎有人焚烧依纳爵的肖像。事情变得越来越严重，依纳爵被带到法庭受审，但获得了有利的判决。1538年初，依纳爵的九名同伴来到威尼斯，分散在市内的各个医院，为病人服务。两三个月后，为了领受教宗的降福以便去耶路撒冷，依纳爵的九个同伴去了罗马。然而，因为奥尔蒂斯博士（Ortiz）和斯尔定红衣主教的原故，依纳爵并没有和他们一起去罗马。因为他们来自不同的国家，遂分为三组，一路步行乞讨到了罗马，又以同样的方式返回威尼斯。他们从罗马回来时，带回来二三百银币。这些钱是别人送给他们的，作为去耶路撒冷的旅费。他们决定，如果无法去耶路撒冷，便将这些钱如数还给施主。

他们中凡不是司铎的，在宣发了神贫和贞洁圣愿后，都在威尼斯从教廷大使韦拉勒斯（Verallus）主教手中领受了铎品。那一年，由于威尼斯人和土耳其人断交，没有开往耶路撒冷的船只。因此，他们决定在威尼斯等待一年，如果一年后还没有去耶路撒冷的船只，他们就去罗马。

他们分散到威尼斯各处，法伯尔、雷奈士和依纳爵去了维琴察（Vicenza）。他们三个人在维琴察城外找到一座既没有门也没有窗户的房子。他们住在这座房子里，睡在干草上。每天有两个人早晚两次进城求施舍。由于得到的施舍太少，他们几乎不够吃。他们通常的食物是烤面包。他们就这样度过了四十天。在这四十天内，他们一心专注于祈祷，没有做其他的事情。

四十天后，若望·科都鲁（John Codurus）来了，他们四人决定开始布道。四人同时在不同的广场上开始布道。他们先是大声喊叫，然后挥舞着帽子召集人。这些布道在该市引起了不小的轰动，人们到处谈论他们，许多人因着他们的讲道过上了虔诚的信仰生活。现在，他们终于不用挨饿了，因为人们源源不断地给他们所需的东西。

依纳爵在维琴察看见了许多的神视，得了很大的神慰。当他在威尼斯准备进铎和弥撒时更是如此。在他所有旅途中，他总是经历超自然的拜访，就像他在茫莱撒（Manresa）经常遇到的那样。

当他还在威尼斯时，得知他的一个同伴在巴萨努姆（Bassanum）病重，遂决定去看望他。尽管他自己也发了高烧，他还是继续赶路，走得很快，以至于他的同伴法伯尔都跟不上他。在路上，天主告诉依纳爵，他的同伴不会死。他们一抵达巴萨努姆，病人感到极大的安慰，很快就痊愈了。之后，所有人都回到维琴察。