随着依纳爵的胃痛一天比一天严重，许多药物都不起作用。医生们说，唯一办法就是回到家乡，因为只有家乡空气才能治愈他。他的同伴也给了他同样的建议。那时，依纳爵又结识了几个志同道合的同伴。他们决定，先去威尼斯，然后去耶路撒冷圣地，在那里他们将为服务人灵耗尽一生。如果不允许他们留在耶路撒冷，他们将返回罗马觐见教宗，将自己交在教宗手里，为了天主的最大光荣，为了人灵的得救，任凭教宗差遣。他们还决定在威尼斯等待船只将他们运送到圣地，但是，如果在这一年里没有去圣地的船，他们就打消去圣地的愿望，直接去觐见教宗。最后，依纳爵听从了同伴的建议，回了西班牙老家，一方面是为了养病，另一方面是为了处理他们在西班牙的事务。他们最后约定，等依纳爵恢复健康后，他们在威尼斯会合。

依纳爵于1535年离开巴黎，根据他们的约定，他的同伴们将在两年后的圣保禄归化日离开。然而，由于战争的原因，他们不得不于1536年11月从巴黎出发。就在他离开的前夕，依纳爵听说有人在检察官面前控告他。还没有收到传票，他就去找检察官，向检察官陈述了他所听到的事情。同时，他也告诉检察官，他有几个同伴，他自己要回西班牙，并请求判决此案。检察官承认有人指控他，但他认为此指控不值得考虑。检察官说，他只想看看他的著作《神操》。他看了以后，大加赞赏，并请求依纳爵给他一份副本。依纳爵同意了他的请求，并且坚持要求检察官给他一个宣判以了结此案。由于依纳爵的请求遭到拒绝，他遂带了一名公证人和一些证人来到检察官家里。最后，依纳爵收到了一份宣判他无罪的证书。