法蒂玛圣母的三个秘密对宗教界产生了极其深远的影响。路济亚修女在她的回忆录中披露了头两个秘密。
第一个秘密是圣母向牧童们展示了地狱的景象。由于圣母在第一次显现的时候就保证牧童们死后将升上天堂，因此他们在见到地狱的恐怖后更感受到圣母的慈悲。
第二个秘密是第一次世界大战即将结束，但是如果人类继续忤逆天主、如果俄罗斯拒不改宗，未来在教宗庇护十一世统治期间将发生另一场战争。因此圣母要求俄罗斯对其无玷之心的奉献，以及每月首个星期六的补赎圣体。教宗把改信皈依后的俄罗斯奉献给圣母，世界将获得和平。如果俄罗斯不改信，教会和整个世界都将面临灾难。
第三个秘密(注:圣母要求在1960年前公开，可是到了1960年，没有公开，一直到2000年，教廷才有限度地公开了部分内容）:路济亚修女在幻像中看到手持燃烧之剑的天使，被刺杀的教宗和各级神职人员以及普通信众，天使手持水晶圣水杯收集殉难者的鲜血并洒向走向天主的灵魂。
（以上译自维基百科https://en.wikipedia.org/wiki/Three_Secrets_of_F%C3%A1tima）
第三个秘密引发了比第二个秘密更大的争议，他们认为那并非路济亚修女写下的真正的第三个秘密。教宗本笃十六世在十年后飞往法蒂玛的航班上，对于第三个秘密坦言：
“我们如果认为已经完全解读了预言将是个错误的认知，教会的困境可能并非来自外界的敌人而是来自内部。
梵蒂冈：教宗本笃十六世抵达葡萄牙展开第15次国际牧灵访问
2010-05-12 09:50:21 来源：梵蒂冈电台/亚洲新闻
教宗本笃十六世开始他的第15次国际性牧灵访问活动，这一次访问的国家是葡萄牙，为纪念法蒂玛的两位小牧童贾钦塔和弗朗切斯科列入真福品10周年。
飞往里斯本的航程中，教宗向随行记者们发表讲话，将法蒂玛圣母启示给小路济亚的第三个秘密同司铎性侵犯问题联系起来。指出，“说到教宗的痛苦，最初我们想到了若望·保禄二世遇刺，而法蒂玛圣母还指出了教会的未来”。一个饱受痛苦煎熬的教会，“真的很可怕”。教宗继续指出，“上主说，教会将倍受磨难，直至世界的终结。今天，我们特别看到了这一点”。
当时的他在1984年评论说：“《第三秘密》中的预言与圣经所宣布的相符。”。但他没说是哪篇经文。(是默示录吗？)
在1960年，梵蒂冈官员在新闻稿中写道，这些信息是如此可怕，以至于“秘密很可能永远永远被绝对封印”（《法蒂玛全书》第三卷，布法罗，纽约，1990年。P 578–579。）
法蒂玛圣母首次显现周年纪念日；法蒂玛（葡萄牙）
425．我自天降来
「七十三年前，我自天降来，来到这里的依利亚，为你们指出度过你们这艰难险阻的世纪所应走的道路。随后发生的痛苦事件，完全应验了我的预言。
–人类并没有接受我慈母的要求，借着在心里和生活上皈依悔改，多祈祷和作补赎，而重归上主。因此，人类经历了第二次世界大战的恐怖岁月，千千万万的人因此丧生，很多人民和国家遭受毁灭。
–俄罗斯尚未经由教宗联合所有主教奉献于我，因此她尚未领受皈依的圣宠，在世界各地散布谬说，挑起战争、暴力、流血的革命，并迫害教会与教宗。
–撒殚在你们这个世纪，成为世界大事的主宰，谁也不能和它匹敌，因此使全人类否认天主，抗拒他的圣爱法律；广泛散播分裂和仇恨，不道德和邪恶，并在各地使离婚、堕胎、猥亵行为、同性恋以及不择手段的避孕方法得到合法化。
现在，你们这个世纪的最后十年刚刚开始。
我自天降来，为把最后的秘密揭示给你们，从而使我能够从现在起准备你们，迎接你们必须经历的一切，为净化世界。
我在这里显现给三个孩子时，向他们揭示的第三个秘密，到现在为止尚未向你们披露，但是当各种世界大事发生的时候，所有的人便会知道这个秘密。
教会将经历最严重的背教时刻。那个邪恶的人将渗透到教会的内部，坐在天主的殿中，而那少数的忠信遗民，将受到最严酷的考验与迫害。
人类将经历其最严重的大惩罚的时刻，从而使他们作好准
备，迎接光荣地重来的主耶稣。
为此，我特别在今天，再次自天降临，借着多次的显现，藉着我的讯息，并借着我这特殊的圣母司铎运动的工作，准备好你们，以经历目前这些正在应验的事件，好让我亲手引导你们度过最艰难最痛苦的阶段，也就是基督第二次来临前的时期，并准备所有的人心思念虑迎接耶稣，因为他光荣再临的时刻已经迫在眉睫。」
到了2000年，第三个秘密官方版本终于公开了，却让很多人感到失望。
官方发布的第三个秘密的主要内容，是关于1981年对教宗若望·保禄二世的暗杀企图。仅仅一次暗杀也能算是一个可怕的秘密？而且这种秘密无法长期存在。教宗离世之后，这个秘密就不再存在了。
约奥·维南西奥主教说，他看到了露西亚的原始纸，手写的纸上每页约25行，边距很小。而梵蒂冈在2000年发布的四页纸上有62行，没有边距，显然并不是真实的文件。
露西亚写下了《第三秘密》，并指示应该在1960年揭露它，因为届时人们能够更多地了解它。
真正的第三个秘密里面描述的是一些灾难性事件，将引起极大的恐慌，里面预言了天主教会内部现存的危机，包括了恋童丑闻，以及海洋将淹没地球，末日恐怖事件等。
圣母在1990年5月13日给高庇神父的启示:教会将经历最严重的背教时刻。那个邪恶的人将渗透到教会的内部，坐在天主的殿中，而那少数的忠信遗民，将受到最严酷的考验与迫害。
慈母心声的话，第三秘密不言自明了。
圣母在拉沙乐特曾经有著名的预言“罗马将会丧失信仰，成为敌基督之宝座”
圣母一直向世界传达着一个信息，那就是心灵的转变。只有通过改变心灵，才能拯救世界。我们最好的行动是确保我们自己的内心得到改变，并且信任第三秘密始于内心真正的悔改。。
目及者路济亚修女本人记录下的信，公开发布的与默示录有关的那一卷书，也就是打开七大封印，教宗若望保禄二世在一次谈话中提到，我们必须准备好，在不远的将来经历巨大的磨难，通过你们的祈祷和我的祈祷，也许能减轻痛苦，但不再能够阻止其发生。
教宗若望·保禄二世在德国的富尔达讲话时，对于人们关心的第三秘密问题，他就此发表了有趣的评论：
“所有的基督徒都应该知道这一点：如果有一条信息表明，海洋将洪水淹没了地球的整个区域，从一瞬间开始百万人口就将灭亡，那就真正不再需要发布这样的信息了。” （原话来自1981年10月的Stimme des Glaubens。）
默示录第六章
6:1 以后我看见：当羔羊开启七个印中第一个印的时候，我听见四个活物中第一个，如打雷的响声说：「来！」
6:2 我就看见，有一匹白马出现，骑马的持着弓，并给了他一顶冠冕；他像胜利者出发，必百战百胜。
6:3 当羔羊开启第二个印的时候，我听见第二个活物说：「来！」
6:4 就出来了另一匹马，是红色的，骑马的得到从地上除去和平的权柄，为使人彼此残杀；于是给了他一把大刀。
6:5 当羔羊开启第三个印的时候，我听见第三个活物说：「来！」我就看见，出来了一匹黑马，骑马的手中拿著天秤。
6:6 我听见在那四个活物当中彷佛有声音说：「麦子一升值一「德纳，」大麦三升也值一「德纳，」只不可糟蹋了油和酒。」
6:7 当羔羊开启第四个印的时候，我听见第四个活物的声音说：「来！」
6:8 我就看见，出来了一匹青马，骑马的名叫「死亡，」阴间也跟着他；并给了他们统治世界四分之一的权柄，好借刀剑、饥荒、瘟疫，并借地上的野兽，去执行杀戮。
开第五印 殉道者的喊冤
6:9 当羔羊开启第五个印的时候，我看见在祭坛下面，那些曾为了天主的话，并为了他们所持守的证言，而被宰杀者的灵魂，
6:10 大声喊说：「圣洁而真实的主啊！你不行审判，不向世上的居民为我们的血伸冤，要到几时呢？」
6:11 遂给了他们每人一件白衣，并告诉他们还要静候片时，直到他们的同仆，和那些将要如他们一样被杀的弟兄，达到了圆满的数目为止。
开第六印 天地动摇
6:12 以后我看见，当羔羊开启第六个印的时候，发生了大地震，太阳变黑，有如粗毛衣；整个月亮变得像血，
6:13 天上的星辰坠落在地上，有如无花果树为大风所动摇而坠下的未熟的果实；
6:14 天也隐退，有如卷起的书卷；一切山岭和岛屿都移了本位。
6:15 世上的君王、首领、军长、富人、勇士，以及一切为奴的和自由的人，都隐藏在洞穴和山岭的岩石中，
6:16 向山岭和岩石说：「倒在我们身上，遮盖我们罢！好避免那坐在宝座上的面容和那羔羊的震怒，
6:17 因为他们发怒的大日子来临了，有谁能站立得住？」
开第七印
8:1 当羔羊开启了第七个印的时候，天上静默了约半小时。
七位天使接受号角
8:2 然后，我看见那站在天主面前的七位天使；给了他们七个号角。
8:3 又来了另一位天使，持着金香炉，站在祭坛旁；给了他许多乳香，为同众圣徒的祈祷，一起献在宝座前的金坛上。
8:4 乳香的烟与圣徒的祈祷，遂由那位天使的手中，升到天主面前。
8:5 此后，那位天使提起香炉，盛满了祭坛上的火，抛到地上，遂发生了雷霆、响声、闪电和地动。
吹前四号角
8:6 以后，那七位持着七个号角的天使，就准备着吹号角。
8:7 第一位一吹号角，就有搀着血的冰雹和火抛到地上；于是大地被烧毁了三分之一，树木也被烧毁了三分之一，青草全被烧尽。
8:8 第二位天使一吹号角，就好像有一座燃着火的大山，投入海中；于是海的三分之一便成了血，
8:9 海里一切有生命之物也死了三分之一，船只也毁坏了三分之一。
8:10 第三位天使一吹号角，就有一颗大星，炽燃有如火把，从天上落下来，落在河的三分之一和水泉上。
8:11 这星的名字叫「苦艾；」於是水的三分之一变成苦的，许多人因水变苦了而死去。
8:12 第四位天使一吹号角，太阳的三分之一，月亮的三分之一和星辰的三分之一，都受了打击，以致它们的三分之一黑暗了，白日三分之一失了光，黑夜也是一样。
三种灾祸的预报
8:13 以后，我看见，也听见在天空中飞翔的一只鹰大声说：「还有另三位吹号角的天使，当他们发出号声时，祸哉！祸哉！祸哉，地上的居民！」
结论:无论第三秘密是什么，我们都不要忘记圣母在拉沙乐特的警告（圣母在拉沙乐特的显现是被良十三世认可为真实的），以及我们的庇护所：圣母的无玷圣心。
(原文链接：
法蒂玛圣母告诉路济亚说：“路济亚，告诉大家，天主是通过玛利亚的无玷圣心，赐给人们恩宠。告诉他们要向她祈求恩典。
法蒂玛圣母，请为我们祈祷，请速来把魔鬼的头颅踏碎!
